Βασικός σκοπός του Περιφερειακού Ταμείου Ανάπτυξης Ηπείρου είναι η διαχείριση των πιστώσεων του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (Π.Δ.Ε.), αλλά και άλλων χρηματοδοτήσεων, οι οποίες αφορούν τα περιφερειακά και τα ειδικά αναπτυξιακά προγράμματα της περιοχής της Περιφέρειας Ηπείρου. Μεταξύ των αρμοδιοτήτων του είναι, επίσης, η υποστήριξη του έργου της Εκτελεστικής Επιτροπής, η τεχνική υποστήριξη της Περιφέρειας στον τομέα εκπόνησης μελετών και ερευνών, η ταμειακή του διαχείριση, η συμμετοχή σε προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης καθώς και λοιπές αρμοδιότητες, όπως αυτές περιγράφονται στις διατάξεις που το διέπουν. Έτσι, η λειτουργία του Π.Τ.Α Ηπείρου είναι διττή: αφενός λειτουργεί ως υπόλογος διαχειριστής των έργων του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (Π.Δ.Ε.), αφετέρου, αξιοποιώντας τις δυνατότητες που του δίνονται για την υλοποίηση Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων αλλά και διαφόρων μελετών και ερευνών, υποστηρίζει την αναπτυξιακή διαδικασία στην οικεία Περιφέρεια.