Η οικονομική διαχείριση του Π.Τ.Α. Ηπείρου ενεργείται με βάση το δικό του προϋπολογισμό εσόδων και εξόδων, ο οποίος εγκρίνεται από το Διοικητικό Συμβούλιο του Ταμείου μετά από εισήγηση του Προέδρου.
Το Ταμείο έχει τη δική του ταμειακή υπηρεσία, ενεργεί τις εισπράξεις και πληρωμές, έχει την ευθύνη για τη διαχείριση των χρηματικών διαθέσιμών του και διατάκτης των δαπανών του είναι ο Πρόεδρος.
Για τη λειτουργία τους τα Ταμεία δεν επιβαρύνουν τον Κρατικό Προϋπολογισμό. Τα έξοδά τους καλύπτονται από τις υπηρεσίες που παρέχουν. Οι Πόροι του Περιφερειακού Ταμείου είναι :
Για την λογιστική παρακολούθηση εφαρμόζει το διπλογραφικό σύστημα με εφαρμογή του Γενικού Λογιστικού Σχεδίου, προσαρμοσμένο στις ανάγκες του και διαθέτει για τη παρακολούθηση της οικονομικής του διαχείρισης εξειδικευμένο λογισμικό σύστημα.
Μετά τη Νέα Επικαιροποίηση του Μητρώου Φορέων Γενικής Κυβέρνησης της Ελληνικής Στατιστικής Αρχής τον Οκτώβριο του 2012, εντάχθηκαν σε αυτό και τα Περιφερειακά Ταμεία Ανάπτυξης, αποκτώντας έτσι όλες τις υποχρεώσεις των Φορέων Γενικής Κυβέρνησης.
Ο Τακτικός έλεγχος των Π.Τ.Α. γίνεται από ορκωτούς ελεγκτές ή από το Ελεγκτικό Συνέδριο.
Ο έκτακτος έλεγχος των ΠΤΑ μπορεί να γίνεται :